CHARAKTERYZUJA SIE ZLOZONOSCIA TRANSKRYPTOMALNA SSAKÓW

W mojej pracy doktorskiej opisäem zakrojony na szerok¿ skal¿ RT-PCR i potok klonowania, który opracowäem w celu uzyskania kilku tysi¿cy pe¿nowymiarowych klonów cDNA ssaków (g¿ównie ludzi i myszy) dla potrzeb NHGRI/NCI Mammalian Gene Collection. W tym czasie, warstwy z¿o¿ono¿ci transkryptomu ssaków nie by¿y jeszcze w pe¿ni opracowane. W tym projekcie by¿em g¿¿boko zaangäowany w kwestie strategiczne i konceptualne przy charakteryzowaniu z¿o¿ono¿ci transkryptomów z ró¿nych poziomów. Wykorzystuj¿c ruroci¿g RT-PCR w po¿¿czeniu z algorytmami przewidywania genów, które wykorzystuj¿ porównawcze informacje genomowe, z powodzeniem zidentyfikowali¿my i zweryfikowali¿my eksperymentalnie nowe geny ssaków, takie jak pe¿nometräowe homologi genów chorób ludzkich. Ponadto, badäem z¿o¿ono¿¿ transkryptomów, w tym SNP i alternatywne splatanie w próbkach biäaczek przy u¿yciu ilo¿ciowego PCR i opracowali¿my technologi¿ analizy ¿ladowej w celu zidentyfikowania wielu alternatywnych splatanych transkryptów w jednej reakcji sekwencyjnej. Moje wyniki sugeruj¿, ¿e alternatywnie splecione transkrypty wykazuj¿ specyficzn¿ dla raka regulacj¿ w gór¿ lub w dó¿, a stosunek alternatywnych splecionych izoform mo¿e stanowi¿ podstaw¿ mechanizmu nowotworowego.