Analyse der Stoffwechselwege zur Beratung über die Gentherapie

Stoffwechselnetze sind eine der wichtigsten Klassen biologischer Netze, die aus enzymatischen Reaktionen mit Substraten und Produkten bestehen. Die jüngsten Entwicklungen bei den Stoffwechselweg-Datenbanken ermöglichen es uns, die bekannten Stoffwechselnetze zu analysieren. Die meisten organismusspezifischen Stoffwechselnetzwerke weisen jedoch eine Reihe unbekannter enzymatischer Reaktionen auf, d. h. viele Enzyme fehlen in den bekannten Stoffwechselwegen, und diese fehlenden Enzyme werden als Stoffwechselweg-Lücken definiert. Obwohl alle Reaktionen in einigen Stoffwechselwegen bekannt sind, weisen auch diese Stoffwechselwege eine Lücke auf. Die Säule des Forschungszyklus ist die Datenerhebung, die der Analysephase zur Lösung der Lücke im Stoffwechselweg vorausgeht. Die für diesen Bereich erforderlichen Daten sind über verschiedene Datenquellen verstreut, was ein Problem für die Forscher in diesem Bereich darstellt. Diese Arbeit bietet eine Lösung für dieses Hindernis, indem sie die erforderlichen Daten aus verschiedenen Datenquellen in einer Datenbank RGBMAPS sammelt; außerdem haben wir ein Werkzeug entwickelt, das von anderen Forschern zur Analyse der Pfadlöcher verwendet werden könnte.